پس از فرایند پردازش بافت ،نمونه باید به صورت بلوک های پارافینی جهت انجام برش توسط میکروتوم درآید. قالب گیری عبارتست از جای دادن بافت در پارفین مذاب بطوریکه وقتی پارافین سرد می شود به صورت بلوک درآمده و نمونه بافتی را در جهتی که باید بریده شود بطور محکم نگه دارد. برای قالب گیری از ظروف و قالبهای مخصوصی استفاده می شود، در روش های سنتی از قالب های L شکل و در روش های جدید از تیشوتک های پلاستیکی بدون درب و تیشو کاست استفاده می شود. در نهایت بلوک بافت سوار شده روی تیشو کاست بر روی کلمپ میکروتوم برای برش زدن آن قرار داده می شود.