از این رنگ همانند سایر رنگ های بخش پاتولوژی و هماتولوژی برای رنگ آمیزی اجزای داخل سلولی و اهداف تشخیصی بالینی استفاده می گردد. این رنگ همراه با ائوزین بکار می رود که هر کدام ساختار مخصوص به خود را دارند. ساختار این رنگ به گونه ای است که به تنهایی نمی تواند به عنوان رنگ عمل کن بلکه باید با ترکیبی به عنوان تثبیت کننده مانند کاتیون آلومینیوم ترکیب شود تا به عنوان ترکیبی بازی به ساختارهای اسیدی مانند هسته وصل شود و آنها را به رنگ آبی درآورد.

در ساختار این رنگ نیز؛ پودر هماتوکسیلین، الکل اتیلیک مطلق، آلوم آلومینیوم، آب مقطر و اسید مرکوریک قرار دارد.

دقت تشخیص رنگ هماتوکسیلین

تجربیات آزمایشگاهی نشان می دهد که دقت تشخیص این رنگ به اندازه ای است که تنها برای آزمایشات روتین بالینی مناسب بوده و گزینه ی مناسبی برای تشخیص های پزشکی بسیار حساس نمی باشد. همچنین برخی از اجزای سلول مانند کلاژن، رشته های الاستیک و غیره با این روش رنگ نمی گیرند. همچنین رنگ آمیزی بافت با هماتوکسیلین، حساس به تمیزی لام، دمای نگهداری نمونه و دقت اپراتور می باشد و بر دقت آن اثر می گذارد اما معمولا تشخیص رنگ و وضوح تصاویر با این رنگ قابل قبول است.